Невозможно выполнить все текстовые файлы из одной папки с помощью Rscript

Question

Это скрипт R для показателей качества массива. Первый шаг идет хорошо, но после выполнения второго шага возникает ошибка.

library(arrayQualityMetrics) 

library(limma) 

library(tcltk) 
X <-tk_choose.files(caption = "Choose X") 

maData<-read.maimages(X, source="agilent", other.columns = "g", green.only=TRUE) 

eSet<-new("ExpressionSet", exprs = maData$other$g, annotation =maData$genes[,7]) 

arrayQualityMetrics(eSet, outdir="QC_C", force = TRUE, do.logtransform = TRUE) 

Программа работает сейчас, но он показывает это предупреждающее сообщение:

The directory 'QC_C' has been created. 
Warning messages: 

1: In svgStyleAttributes(style) : 
    Removing non-SVG style attribute name(s): subscripts, group.number, group.value 

2: In svgStyleAttributes(style) : 
    Removing non-SVG style attribute name(s): subscripts, group.number, group.value 

Где я получаю неправильно? Является ли это ошибки в файле или Rscript неправильно ....

Answer 1

Дайте полный путь к папке, путь к, как показано ниже:

scanFiles<-dir(path='/path/to/folder/',pattern = ".*.txt$")