Существует простой способ сделать выше.
Если открыть основные файлы шаблона из вашей темы т.е. 1column, 2column налево и т.д. Вы увидите подобный код:
<?php echo $this->getChildHtml('global_notices') ?>
Прежде всего, необходимо прокомментировать эти, это удалит сообщение с указанием в настоящее время на страницы.
Теперь переходим к footer.phtml на Ваш сайт и добавить что-то вроде:
<?php if($this->getMessagesBlock()->getMessageCollection()->count()): ?>
<div id="global_messages_popup" style="display: none">
<a href="javascript:void(0)" id="global_messages_close" style="display: none" title="<?php echo $this->__('Hide messages') ?>">×</a>
<?php echo $this->getMessagesBlock()->getGroupedHtml(); ?>
</div>
<?php $this->getMessagesBlock()->getMessageCollection()->clear(); ?>
<script>
// Here you can write js code to open above div in a popup or something else.
</script>
<?php endif; ?>
Выше не проверялась поэтому, пожалуйста, проверьте его сами.