R EnvironmentError: Не удалось найти Ghostscript на пути. RWebLogo

Question

У меня возникла странная проблема, которую я никак не могу исправить, и я надеялся, что кто-то здесь может лучше понять, что случилось;

Я не могу использовать пакет RWebLogo - даже запустите простейшие примеры из-за той же самой ошибки Ghostscript.

например. бег:

library(RWebLogo) 
aln <- c('CCAACCCAA', 'CCAACCCTA', 'AAAGCCTGA', 'TGAACCGGA') 
weblogo(seqs=aln, file.out='mylogo.pdf') 

Выдает эту ошибку:

Traceback (most recent call last): 
    File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogo", line 71, in <module> 
    weblogolib._cli.main() 
    File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/_cli.py", line 82, in main 
    formatter(data, format, opts.fout) 
    File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py", line 757, in pdf_formatter 
    gs = GhostscriptAPI()  
    File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py", line 196, in __init__ 
    raise EnvironmentError("Could not find Ghostscript on path." 
EnvironmentError: Could not find Ghostscript on path. There should be either a gs executable or a gswin32c.exe on your system's path 

Я установил Ghostscript версии 9.15 с конфигурированием/сделать/установить в терминале, а затем добавил PATH колотить профиль и казнили его. Когда я запускаю gs в терминале, он работает, подтверждая, что он установлен на системный путь, но та же ошибка все еще происходит. Даже после перезагрузки.

Я попытался добавить ОШ к окружающей среде в R непосредственно:

Sys.setenv(R_GSCMD = "/Applications/ghostscript-9.15/bin/gs") 

, который также не помогло ... Дает точно такую ​​же ошибку. Когда я ищу среду R, это показывает, что gs есть.

Важная информация о версии:

MAC: OS Yosemite 10.10.1; 
R version 3.1.1 (2014-07-10); 
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit); 
RWebLogo_1.0.3 

Вы знаете, любой вопрос, который может иметь причиной этой проблемы? Я новичок в программировании, поэтому я беспокоюсь, что, возможно, я пропустил что-то основное. Я был бы признателен за любые советы. Спасибо!

Answer 1

Я связался с Омаром, автором RWebLogo, и он был действительно полезен в определении моих проблем и решении проблемы.

Во-первых, он посоветовал запустить RWebLogo на тестовой последовательности на терминале: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogo -f test_seqs .txt -o ~/Desktop/out.pdf -F PDF

Изменение базового каталога (все, прежде чем extdata/weblogo ...) сценария выше, чтобы быть все, что команда ниже дает вам в R:

system.file(package = 'RWebLogo') 

Я запустил его и получил новую ошибку: отсутствие numpy. У меня на самом деле был установлен numpy, но без полных пользовательских привилегий. После переустановки numpy RWebLogo успешно запускался с терминала.

Тем не менее, RStudio выбрасывает ошибку GhostScript. Омар предположил, что существует проблема с более старой версией RStudio, работающей на Yosemite (в настоящее время у меня 10.10.1), и отправил мне ссылку на обновленную версию RStudio, где проблема была исправлена.

http://www.r-bloggers.com/r-and-rstudio-incompatibility-with-yosemite-mac-os-x-10-10/

Я получил обновленный RStudio и сейчас здорово там все работает. Надеюсь, это поможет кому-то с подобной проблемой!