Force qsub (PBS), чтобы ждать завершения задания до выхода

Question

Я использую Sun Grid Engine для запуска моих заданий на узле кластера.

Обычно я буду ждать работы завершить до выхода, и я использую:

qsub -sync yes perl Script.pl 

Однако сейчас я не использую больше Sun Grid Engine, но PBS Pro 10,4

Я не в состоянии найти соответствующую инструкцию для -sync.

Не мог бы кто-нибудь мне помочь? Заранее спасибо

Answer 1

PBSPro не имеет -sync эквивалента, но вы можете быть в состоянии использовать опцию -I в сочетании с использованием ожидать, чтобы сказать ему, что код для запуска, чтобы получить тот же эффект.

Answer 2

Эквивалент -sync для PBS - -Wblock=true.

Это предотвращает выход qsub до завершения задания. Возможно, это необычно, но я счел это полезным при использовании программного обеспечения, которое не предназначено для HPC. Программное обеспечение выполняет несколько экземпляров рабочей программы, которые выполняются одновременно. Тем не менее, он должен дождаться завершения одного (или иногда большего) экземпляра и выполнить некоторую работу с результатами до того, как будет создан следующий. Если рабочая программа завершается без записи определенного файла, предполагается, что она не выполнена. Мне удалось написать сценарий оболочки для рабочей программы, до qsub и использовать опцию -Wblock=true, чтобы дождаться завершения задания рабочей программы.