Как вы печатаете строки объекта hclust в R?

Я использую R, чтобы сгруппировать матрицу, которую я назвал 'fabricuedata'. У меня есть объект hclust который был создан с помощью следующего кода:Как вы печатаете строки объекта hclust в R?

TissueDist<-dist(tissuedata, method="euclidean") 
    TissueClust<-hclust(TissueDist, method='complete')

Теперь я хочу, чтобы распечатать имена строк из TissueClust, сохраняя порядок сгруппированных строк. Какие-либо предложения?

Вот пример того, что матрица 'tissuedata' может содержать:

          Brain  Bone Breast  Lung Ovary Pancreas  HeLa 
    17271422_17271984_ENSG00000026025 -3.266758 0.000000 -3.215719 -5.248721  0 -2.891329 -3.718194 
    17272608_17272709_ENSG00000026025 -4.304518 -4.560667 -3.359868 0.000000  0 -3.108627 -4.227678 
    17272632_17272709_ENSG00000026025 -4.188425 -4.444906 -3.243362 0.000000  0 -2.992122 -4.111259 
    17272649_17272709_ENSG00000026025 -3.984628 -4.338187 -3.104413 0.000000  0 -2.791452 -3.828157 
    17275586_17275681_ENSG00000026025 -3.278478 -3.932706 -2.903414 -4.480172  0 -2.781268 -3.423038 
    17276692_17276817_ENSG00000026025 -3.355184 -4.351640 -3.009279 0.000000  0 -3.231431 -4.194499 
    17276692_17276850_ENSG00000026025 -3.456211 -4.453457 -3.110306 0.000000  0 -3.332458 -4.294992 
    17277845_17277888_ENSG00000026025 -3.842749 -4.195861 -2.661506 0.000000  0 -2.373369 -3.436403 
    17277845_17277908_ENSG00000026025 -4.005683 -4.358526 -2.824233 0.000000 -1 -2.536096 -3.599131

источник

2013-08-05 user2639056

У вас есть образцы данных? – Peter

Вот как выглядит матрица 'fabricuedata'. – user2639056

Я не уверен, если я понял вопрос прямо .....

# $labels gives orginal ordering form matrix 
TissueClust$labels 

# $order gives the permutation of the original observations 
# see ?hclust detail section 
TissueClust$order 

# not sure, but are you looking for this? 
TissueClust$labels[c(TissueClust$order)]

НТН

источник

2013-08-05 17:54:43 holzben

Я попробовал ваше предложение, но он возвращает следующую ошибку: $ operator недопустим для атомных векторов – user2639056

Где происходит ошибка (первая, вторая или последняя строка)? Я попробовал это с вашим примером, размещенным выше, там он работал отлично для меня. – holzben

Теперь я получил его для работы с использованием TissueClust $ labels [c (TissueClust $ order)] – user2639056

Как вы печатаете строки объекта hclust в R?

ответ

Смежные вопросы