Rstudio knit pdf в Rstudio loadNamespace (имя): нет пакета под названием 'rmarkdown'

Question

Я только что обновился до версии Rstudio версии 0.98.1074. Когда я пытаюсь использовать ноутбук компиляции с помощью сценария или вязаного PDF с .rmd я

Error in loadNamespace error: there is no package called 'rmarkdown'

еще я могу напечатать rmarkdown::render("filename.rmd") и это сделает документ. Я удалил и переустановил с RStudio, и это не помогло. Я обновил все свои пакеты, и я использую R3.1.1.

Это небольшое неудобство, так как у меня есть обходное решение, но я думал, что опубликую его в случае, если есть решение, которого я не могу найти.

Answer 1

я получил почти точно такую ​​же ошибку при попытке использовать Rmarkdown на Windows, в Cygwin:

loadNamespace(name): there is no package called 'rmarkdown' 

Все работало отлично в Rstudio, но не работает, когда я попытался авто вязки некоторых .Rmd файлов в Cygwin.

Моя библиотека путь в Rstudio:

.libPaths() 
[1] "C:/Users/Gravitas/Documents/R/win-library/3.3" "C:/Program Files/R/R-3.3.2/library" 

Мой путь к библиотеке, как сообщается в Cygwin, при запуске C:\Program Files\R\R-3.3.2\bin\R.exe:

.libPaths() 
[1] "C:/Program Files/R/R-3.3.2/library" 

Проблема:

• Когда Rstudio работает в не-администратор, он ничего не может записать в C:/Program Files/R/R-3.3.2/library, так как этот каталог защищен от записи редактор
• Таким образом, Rstudio записывает новые пакеты в каталог профиля пользователя, который можно свободно записывать.
• Однако Cygwin не знал о каталоге профиля пользователя, поэтому он не смог найти все вновь установленные пакеты.

Решение было установить эту переменную окружения внутри Cygwin:

export R_LIB=C:/Users/Gravitas/Documents/R/win-library/3.3 

Теперь путь сообщил Cygwin является:

.libPaths() 
[1] "C:/Users/Gravitas/Documents/R/win-library/3.3" "C:/Program Files/R/R-3.3.2/library" 

И теперь, я могу назвать Баш сценариев в Cygwin для auto-knit .Rmd files.