Как провести тест против одной назначенной контрольной группы в R?

Question

Я совершенно новичок в программировании и R, но имею набор данных, которые могут быть проанализированы только с помощью более мощной программы статистики, такой как R.

У меня есть большой, но простой набор данных, состоящий из тысяч различных групп с несколькими образцы, которые я хочу сравнить с контрольной группой с помощью теста mann whitney U, структура данных приведена ниже.

Group, Measurements 
a  0.14534 
cont 0.42574 
d  0.36347 
c  0.14284 
a  0.23593 
d  0.36347 
cont 0.33514 
cont 0.29210 
b  0.36345 
... 

Проблема заключается в том, что характер испытания требует наличия только двух групп. Однако, поскольку у меня более одной группы, это не работает.

Это то, что у меня есть до сих пор, и я, как вы видите, не работает многократно и работает только в том случае, если у меня есть две группы в моем исходном файле.

data1 = read.csv(file.choose(), header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE) 
attach(data1) 
testoutput <- wilcox.test(group ~ measurement, mu=0, alt="two.sided", conf.int=TRUE, conf.level=0.95, paired=FALSE, exact=FALSE, correct=TRUE) 
write.table(testoutput$p.value, file="mwUtest.tsv", sep="\t") 

Как мне написать и проверить цикл для проверки всех моих групп против моей назначенной контрольной группы? Я предполагаю, что функции sapply или lapply используются до wilcox.test, но я не знаю, как это сделать.

Прошу прощения, если этот простой вопрос был поднят раньше, но я не мог найти никакого предыдущего вопроса относительно этой конкретной проблемы.

Answer 1

В R часто бывает много решений по той же проблеме. Вот как я это разрешу.

Во-первых, я хотел бы разделить мои данные и один dataframe с экспериментами и один с элементами управления:

experiments <- dat[dat$group!="cont",] 
controls <- dat[dat$group=="cont",] 

Тогда я бы разделить свои экспериментальные данные по группе, и кормить, что мой тест вместе со своими контрольными измерениями , Обратите внимание, что эта конструкция упрощает извлечение большего количества значений из теста: просто верните (именованный) вектор.

result <- lapply(split(experiments, experiments$group),function(x){ 
    mytest = wilcox.test(x$measurement,controls$measurement,mu=0, alt="two.sided", conf.int=TRUE, conf.level=0.95, paired=FALSE, exact=FALSE, correct=TRUE) 
    return(mytest$p.value) 
}) 

Объединяя к столу затем легко:

output <- do.call(rbind,result) 

данных:

set.seed(123) 
nobs=100 
dat <- data.frame(group=sample(c(LETTERS[1:6],"cont"),nobs,T), 
        measurement=runif(nobs),stringsAsFactors=F)