Это, кажется, сложная тема в развернутом MATLAB. Поиск в Интернете найдет сложные ответы в MATLAB Central.
Однако это может помочь.
[p,f,i] = uigetfile('')
Это немного взломанный, но найдет каталог, содержащий файл .exe, который возвращается в p.
Когда я вернулся, чтобы получить ссылку на ответ в MATLAB Central, я нашел this, который также отвечает на ваш вопрос:
function currentDir = getcurrentdir
if isdeployed % Stand-alone mode.
[status, result] = system('path');
currentDir = char(regexpi(result, 'Path=(.*?);', 'tokens', 'once'));
else % MATLAB mode.
currentDir = pwd;
end