Не удалось правильно установить rpy2: неопределенные символ omp_get_num_procs

Question

Я пытаюсь установить rpy2 на моем компьютере с R 3.1.2 от источника с использованием

python setup.py install --user 

она выдавала успех, но когда я пытаюсь проверить его с помощью

python -m rpy2.tests 

Он дал мне следующий вывод:

rpy2 version: 2.6.0 
- built against R version: 3-1.2--66913 
- running linked to R version: R version 3.1.2 (2014-10-31) 
/scratch/opt/python-2.7.9/lib/python2.7/site-packages/rpy2-2.6.0-py2.7-linux-x86_64.egg/rpy2/robjects/lib/ggplot2.py:59: UserWarning: This was designed againt ggplot2 version 1.0.1 but you have 1.0.0 
    warnings.warn('This was designed againt ggplot2 version %s but you have %s' % (TARGET_VERSION, ggplot2.__version__)) 
....../tmp/tmp05nvfc.py:17: UserWarning: 

    ri.baseenv['eval'](ri.parse(rcode)) 
............................................................................................................................................................................................................python: symbol lookup error: /usr/lib64/RRO-8.0.2/R-3.1.2/lib64/R/lib/libmkl_gnu_thread.so: undefined symbol: omp_get_num_procs 

У меня есть полная установка входа хранится здесь:

https://bitbucket.org/Tamaki_Sakura/labscript/src/4cf05da1e19fca5b539c0ffb96c4334c6afe850d/stackoverflowtemp.txt?at=default

Это один вид связан с моим старым вопрос здесь:

Could not install rpy2 correctly

Однако они не то же самое. Это происходит на разных машинах, и тот, который у меня здесь, теперь имеет R, созданный как библиотека.

Answer 1

Проблема, скорее всего, связана с openmp и/или Intel MKL в связи с тем, как был скомпилирован R (и это происходит, когда вы используете rpy2). Есть вероятные переменные среды, которые необходимо установить ...