Как изменить временную папку, где sqlite создает файлы etilqs на Ubuntu Linux R?

Question

Я запускаю sqldf в R на Ubuntu для выбора определенных идентификаторов из большой таблицы с гигабайтами данных, и процесс создает временные файлы etilqs в/var/tmp в соответствии с изменениями файла мониторинга inotifywait. Однако my/var/tmp находится на маленьком диске, и это иногда приводит к ошибке R. Я нашел thread о том, как изменить местоположение папки temp для sqlite в Windows, но я не мог понять, как заставить его работать под Linux.

library(sqldf) 
customer_extr <- sqldf("select b.*, a.year, a.name from product as b left join customer as a on a.ID = b.ID", dbname = "/home/userName/customer.db") 

Мне кажется, что SQLite поиски каталоги местах временного хранения файлов (не TEMPFILE(), что я могу выбрать, где создать файл, выбрав TMPDIR =) в следующем порядке:

1. каталог устанавливается ПРАГМА temp_store_directory или по sqlite3_temp_directory глобальной переменной
2. среда SQLITE_TMPDIR переменная переменная
3. среда TMPDIR
4. /вар/TMP
5. /USR/TMP
6. /TMP
7. Текущий рабочий каталог ("")

Я попробовал несколько вариантов, но ни один из них, казалось, не работать:

1. набор temp_store_directory:

   con <- dbConnect(dbDriver("SQLite"), dbname = "/home/userName/customer.db") 
   dbGetQuery(con, "PRAGMA temp_store_directory = '/mnt/tmp'") 
   

   Но это ошибки вне:

   Error in rsqlite_send_query(conn@ptr, statement) : basic_string::resize 
   

   В настоящее время temp_store_directory не устанавливается после проверки

   Sys.getenv('temp_store_directory') 
   

2. Перед запуском R, я установил переменные окружения в нужную папку Temp:/мнт/TMP:

   export SQLITE_TMPDIR=/mnt/tmp 
   export TMPDIR=/mnt/tmp 
   

   Я проверил это было успешно создано

   echo $SQLITE_TMPDIR 
   echo $TMPDIR 
   

   под Linux,

   Sys.getenv('SQLITE_TMPDIR') 
   Sys.getenv('TMPDIR') 
   

   в R.

   Однако мой шаг sqldf еще пишет etilqs файлы в/вар/TMP.

3. Я попытался запустить

   dbGetQuery(con, "PRAGMA temp_store = 2") 
   

   поручить SQLite для сохранения временных файлов в памяти. Тем не менее, он все еще записывает файлы etilqs в/var/tmp.

4. Я думал о создании символической ссылки для/var/tmp, чтобы указать на/mnt/tmp, но для этого я думаю, что мне сначала нужно удалить папку/mnt/tmp.Это не идеально, поскольку это общий сервер Linux, и диск для/mnt/tmp иногда размонтируется. Я не уверен, что это вызовет проблемы для других приложений и пользователей.

Я не знаю, как проверить/изменить sqlite3_temp_directory глобальную переменную в R.

Это моя сессия информация:

> sessionInfo() 
R version 3.3.2 (2016-10-31) 
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) 
Running under: Ubuntu 14.04.5 LTS 

locale: 
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8  LC_NUMERIC=C 
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8  LC_COLLATE=en_US.UTF-8 
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8  LC_NAME=C 
[9] LC_ADDRESS=C    LC_TELEPHONE=C 
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C 

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets methods base 

other attached packages: 
[1] sqldf_0.4-10 RSQLite_1.1 gsubfn_0.6-6 proto_1.0.0 

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] DBI_0.5-1  memoise_1.0.0 Rcpp_0.12.8 digest_0.6.10 chron_2.3-47 

Я могу попытаться модернизировать мой OS диск к более мощный диск, но не существует способа сказать sqlite в R под Linux для записи временных файлов в другом месте? Любые предложения будут высоко оценены!

Answer 1

Вы можете получить R использовать другой временный каталог, он уважает несколько параметров переменных окружения:

edd@max:~$ Rscript -e 'print(tempdir())'    # default 
[1] "/tmp/RtmpUdPCFL" 
edd@max:~$ TMPDIR="." Rscript -e 'print(tempdir())' # overridden 
[1] "./RtmpsJk2lP" 
edd@max:~$ 

Мы должны видеть с источниками RSQLite и/или sqldf пакетами, чтобы увидеть, если они используйте их собственные настройки или возьмите их из R. Если это последний, поскольку я подозреваю, что, по крайней мере, sqldf, у вас есть способ.

Но не забудьте установить TMPDIR (или подобное) перед тем как начать R.