Хотя я использовал Netbeans и XDebug для удаленной отладки, должно быть возможно использовать Eclipse PDT и XDebug. См:
Одно предостережение, однако. Чтобы настроить xdebug, вам нужно будет изменить некоторые параметры в php.ini - я не уверен, что это будет возможно на размещенном сервере. Если нет, вам понадобится локальный сервер, который вы используете для отладки, и вам нужно будет найти другое решение для вашей «производственной» среды. На самом деле это не плохая идея, так как это даст вам хорошее место для проверки ваших изменений, не рискуя сломать что-либо на вашем фактическом сайте.
Кроме того, я рекомендую вам заглянуть в Netbeans, если не для того, чтобы экспериментировать и посмотреть, что он может сделать по сравнению с Eclipse. Одна приятная особенность заключается в том, что вы можете настроить ее на автоматические ftp (или scp) измененные файлы на удаленный сайт. Таким образом, вы можете внести некоторые изменения в код, нажать кнопку отладки, и после ожидания момента загрузки файлов вы можете перейти через код на удаленном сайте.
ссылки мертвы. –