Вычислить индекс разнесения (индекс различимости) для набора соединений в R

Question

Я хочу рассчитать индекс разнесения для данной матрицы.

У меня есть матрица набора данных (xmatrix.RData), которая является матрицей 986 * 881 с указанием 986 соединений и 881 дескрипторов отпечатков пальцев.

Формула для расчета индекса разнообразия объясняется:
http://r.789695.n4.nabble.com/file/n4677766/Diversity_Index_Formula.pdf

Answer 1

Я хотел бы сделать что-то вроде этого:

# this calulates you the dissimilarity matrix diss(i, j) in the paper 
# look at help page of dist for different methods like euclidean, maximum... 
diss<-as.matrix(dist(xmatrix, method="binary", diag=TRUE, upper=TRUE)) 
l<-nrow(xmatrix) 

# the overall dissimilarity 
sum(rowSums(diss))/(l*(l-1)) 

надеюсь, что это помогает ...