Как извлечь детали из 3D-изображения TIFF?

Question

У меня есть файл tiff, который имеет несколько изображений в оттенках серого, расположенных в стеке Z, используя ImageJ, образуя трехмерное изображение. Из этого изображения я хотел бы извлечь некоторые объекты, т. Е. Тела клеток или аксоны.

Я не ищу автоматическую сегментацию, но предпочитаю выбирать желаемую область вручную. Тем не менее, я не смог найти программное обеспечение, которое позволяет мне выбирать выделение в 3D-изображениях tiff и экспортировать выбранные области.

Так что мой вопрос в том, есть ли такое программное обеспечение?

Answer 1

Вы можете использовать 3D набор для того, что может perfom автоматического сегментирования и измерения в 3D, см:

http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id=plugin:stacks:3d_ij_suite:start

Если у вас есть стек можно вручную пометить и заполнить свои объекты для извлечения и измерять их, например счетчик 3D-объектов.

Другая возможность состоит в том, чтобы использовать Обучаемую Сегментацию плагин, чтобы отметить аналогичную области в стеке, см:

http://imagej.net/Trainable_Weka_Segmentation