Как отрегулировать диапазон цветов в heatmap.2

Question

Я пытаюсь построить тепловую карту с использованием языка R.

После построения графика тепловой карты я обнаружил, что моя тепловая карта не подходит для интерпретации, потому что диапазон цветовой клавиши был плохо отрегулирован.

Как вы можете видеть ниже, диапазон цветовых ключей был очень длинным по сравнению с распределением моих данных (они от нуля до четырех). Поэтому все цвета в тепловой карте были зелеными.

Как решить эти проблемы?

Ниже приведены мои коды. (я пытался искать решения, но я не смог найти подходящий поток для моего случая.)

library(gplots) 
matrix <- as.matrix(read.delim("bladder",header=FALSE)) 
hclustfunc <- function(x) hclust(x, method="complete") 
distfunc <- function(x) dist(x, method="euclidean") 
cl.col <- hclustfunc(distfunc(t(matrix))) 
gr.col <- cutree(cl.col, 4) 
heatmap.2(as.matrix(matrix),col=greenred(75),dendrogram=c("col"),trace="none",Rowv=FALSE,margins = c(8,16),cexRow=0.60,cexCol=0.8) 

Answer 1

Убедитесь, что вы установили n до нужной длины в следующем примере:

my_palette <- colorRampPalette(c("red", "blue", "green"))(n = 100) 

heatmap.2(as.matrix(matrix), col=my_palette, 
    breaks=colors, density.info="none", trace="none", 
     dendrogram=c("row"), symm=F,symkey=F,symbreaks=T, scale="none")