R: Кривая накопления видов на основе переменного усилия

Question

Я пытаюсь построить кривую накопления видов, используя набор данных промысла. Это можно сделать легко с помощью таких пакетов, как Vegan. Тем не менее, я хотел бы построить кривую, основанную на другом типе усилий (здесь количество крючков), чем обычный тип, например, выборки или отдельные люди. Я не мог найти способ изменить тип усилия. Есть ли пакет, где можно выполнить такую ​​модификацию?

Пример набора данных для игрушек. виды выборки и количество крючков

for (i in 1:50){ 
    set.seed(645) 
    aaa <- data.frame(sample(1:100, 100, replace=TRUE)) 
    names(aaa) <- paste("spvegantest.",i,sep="") 
    assign(paste("spvegantest.",i,sep=""),aaa)} 
list_sp <- lapply(ls(pattern="spvegantest."), get) 
dataset <- data.frame(Sample_ID= 1:100, list_sp, Nhooks = sample(500:2500, 100, replace=TRUE)) 

Answer 1

Если я хорошо понимаю, вы хотите построить видовой насыщенности против Sampling усилия от непредвиденной таблицы особей вида, обнаруженных в различных образцах. Я не знаком с пакетом vegan, но вы можете загружать свои данные следующим образом. Во втором примере вы можете попытаться увеличить количество точек, добавив еще один цикл, который делает несколько выборок на каждом шаге i.
Реальная кривая данных должна выглядеть как функция sqrt, тогда как здесь она плоская, поскольку каждый образец содержит все виды. В рыболовстве промысловое усилие часто измеряется в количестве лодок x дней в море, а лодки, которые, как предполагается, имеют одну и ту же траловую площадь, количество крючков или общую длину леска - другие общие меры.

count.sp <- function(sample.vec, dataset){ 
    sample.presence <- dataset[sample.vec, grep("sp.", names(dataset))] != 0 
    overall.presence <- apply(sample.presence, 2, sum) != 0 
    n.species <- sum(overall.presence) 
    return(n.species) 
} 

# Sampling effort = number of sample 
plot(c(0, nrow(dataset) - 1), c(0, 1.5*length(grep("sp.", names(dataset)))), type="n", 
    xlab="Sampling effort", ylab="Species richness") 
for (i in 1:(nrow(dataset) - 1)){ 
    sample.vec <- sample(seq(along=dataset$Sample_ID), i) 
    points(i, count.sp(sample.vec, dataset), pch=19, cex=0.5) 
} 

# Sampling effort = number of hooks 
plot(c(0, sum(dataset$Nhooks)), c(0, 1.5*length(grep("sp.", names(dataset)))), type="n", 
    xlab="Sampling effort", ylab="Species richness") 
for (i in 1:(nrow(dataset) - 1)){ 
    sample.vec <- sample(seq(along=dataset$Sample_ID), i) 
    points(sum(dataset$Nhooks[sample.vec]), count.sp(sample.vec, dataset), pch=19, cex=0.5) 
} 

Answer 2

Версия R-Forge и GitHub из веганских добавила аргумент для весов видового накопления (specaccum() функции). Это из документации:

w: Weights giving the sampling effort. 

Вы можете попробовать эту версию (но тогда вы должны быть в состоянии построить пакет самостоятельно: R-Фордж слишком дисфункциональной, чтобы обеспечить пакет).

Аргумент для весов был добавлен, потому что кто-то попросил об этом. Он еще не был выпущен, потому что человек, спрашивающий об этом, потерял интерес и никогда не тестировал, если это было необходимо. Если вы проверите это и сочтете это полезным, он перейдет к релизу.