Переваривание двойного рестрикционного фермента в Bioperl

Question

Я пытаюсь проанализировать несколько тысяч последовательностей для сокращения двойных рестрикционных ферментов. Для этого примера предположим, что этими двумя ферментами являются EcoRI и MspI. Я использую для этого модули Bioperl (см. Код ниже) и может заставить его работать на отдельные ферменты. Просто два фермента, работающие в целом, дают либо странные результаты, либо не работают должным образом.

#!/usr/bin/perl 

use strict; 
use Bio::Seq; 
use Bio::SeqIO; 
use Bio::Restriction::Analysis; 
use Bio::Restriction::EnzymeCollection; 
use List::Util qw(min max sum); 

my $usage = "perl $0 <in><out>"; 
my $in = shift or die $usage; 
my $out = shift or die $usage; 

my ($ra, $seq); 
my $enz_collection = Bio::Restriction::EnzymeCollection->new(); 
my (@ecorbp, @ecorsize, @mspbp, @mspsize); 

my $seq_in = Bio::SeqIO->new( 
          -format => 'fasta', 
          -file => $in, 
          ); 
open OUT, ">$out"; 
while ($seq = $seq_in -> next_seq) 
{ 
$ra = Bio::Restriction::Analysis->new(-seq=>$seq); 

#how many times does each enzyme cut 
my $EcoRIcuts = $ra->cuts_by_enzyme('EcoRI'); 
my $MspIcuts = $ra->cuts_by_enzyme('MspI'); 
my $bothcuts = $ra->cuts_by_enzyme('EcoRI', 'MspI'); 
#print $bothcuts."\n"; 

#doing something with bp 
@ecorbp = $ra->positions('EcoRI'); 
@mspbp = $ra->positions('MspI'); 
my $ecorbp_min = min(@ecorbp); 
my $ecorbp_max = max(@ecorbp); 
my $mspbp_min = min(@mspbp); 
my $mspbp_max = max(@mspbp); 
my $ecorbp_avg = sum(@ecorbp)/@ecorbp; 
my $mspbp_avg = sum(@mspbp)/@mspbp; 

#doing something with cut size/fragment 
@ecorsize = $ra->sizes('EcoRI'); 
@mspsize = $ra->sizes('MspI'); 
my $ecorsize_min = min(@ecorsize); 
my $ecorsize_max = max(@ecorsize); 
my $mspsize_min = min(@mspsize); 
my $mspsize_max = max(@mspsize); 
my $ecorsize_avg = sum(@ecorsize)/@ecorsize; 
my $mspsize_avg = sum(@mspsize)/@mspsize; 

my @bothsize = $ra->sizes('EcoRI','MspI'); 
my $bothsize_max = max (@bothsize); 
my $bothsize_min = min (@bothsize); 
print $bothsize_max,"\n"; 
print $bothsize_min,"\n"; 

#do similar thing with the cut positions; this part not written yet 
@bothbp = $ra->positions('EcoRI','MspI'); 

#print OUT "EcoRI cuts ",$seq -> display_id," $EcoRIcuts times with at minimum base position of $ecorbp_min, maximum base position of $ecorbp_max with average base position of $ecorbp_avg to give minimum frament size of $ecorsize_min bp, maximum fragment size of $ecorsize_max bp with average fragment size of $ecorsize_avg bp\n"; 
#print OUT "MspI cuts ",$seq -> display_id," $MspIcuts times with at minimum base position of $mspbp_min, maximum base position of $mspbp_max with average base position of $mspbp_avg to give minimum frament size of $mspsize_min bp, maximum fragment size of $mspsize_max bp with average fragment size of $mspsize_avg bp\n"; 
} 

close OUT; 

Проблема возникает, когда код достигает «bothsize» часть ... номера печати в десятичных знаков для какой-то странной причине.

Вот мой очень короткий входной файл, который я использую для тестирования кода:

>Seq1 
AAAAGAATTCAAAAAAAAGAAAACAATAAGTAAAAGACAGACCGGCAGAGAAAACTTACCCGAC 
>Seq2 
AAACGAGAATTCAAAAAATAGAAAACCGGAATAAGTAAAAGACAGGAATTCAGCAGCCGGAGAA 

код, как ожидается, сообщить о позиции, где оба фермента вырезать (подобно ecorbp, mspbp) & также фрагмент разреза размер (аналогично ecorsize и mspsize).

Я был бы признателен за любую помощь или указатели на то, как я могу закодировать это право. Благодарю.

Answer 1

Предложен метод Bio::Restriction::Analysis объекта sizes не принимает несколько ферментов

Второй параметр «т.п.н. с точностью до 0,1 т.п.н.»