Как правильно включить повторяющиеся меры в мой lmer

Question

В моем исследовании я много лет отбирал те же сайты в разных регионах. Каждый сайт имеет разные свойства в каждом году, что важно для моего исследовательского вопроса. Я хочу знать, если свойства сайта влияют на биоразнообразие на сайтах. И меня интересует взаимодействие пророчеств и регионов.

Обзор:

• Биоразнообразие = ответ
• свойство Site = фиксированный фактор, каждый год меняется
• регион = фиксированный коэффициент, те же регионы, каждый год
• Site = случайный эффект, многократно пробы в разные годы выборки
• Год = случайный эффект, является фактором, в котором повторяется «сайт»

На данный момент моя модель выглядит следующим образом:

mod1 <- lmer(biodiversity~region*siteProperty+(1|Year)+(1|site)) 

Я не уверен, если это счета для повторных измерений. Кроме того, я думал об этом, так как она включает также nestedness из сайтов в последующие годы, но, возможно, не является необходимым:

mod2 <- lmer(biodiversity~region*siteProperty+(1|Year)+(1|Year:site)) 

Проблема с этим подходом в том, что он работает только тогда, когда мой сайт свойства не равны нулю. Но у меня есть нули в разных свойствах, и мне также нужно проанализировать их эффекты.

Если вам нужна дополнительная информация, просто спросите меня. Спасибо за помощь!

Answer 1

Ваш первый пример,

mod1 <- lmer(biodiversity~region*siteProperty+(1|Year)+(1|site)) 

должно быть хорошо (хотя я призываю вас использовать data аргумент явно ...). Если у вас есть образцы для «многих лет» для каждого сайта, вы можете рассмотреть вопрос о

• включая модель тренда (т.е. включает Year, как числовые переменную, в фиксированных эффектах части модели, а также, либо в качестве простого линейного члена или в рамках аддитивной модели, например, с помощью splines::ns
• проверки/позволяет автокорреляции (хотя это сложно в lme4, вы можете использовать lme, но затем перешли случайные эффекты Year и site становится сложнее) .

Если у вас есть одна комбинация образцов на сайт/год, вы не хотите (1|Site:year), потому что это будет то же самое, что и остаточная вариабельность.

Ваше заявление «работает только в том случае, если свойства моего сайта не равны нулю» для меня не имеет смысла: в общем, наличие нулей в переменных-предикторах не должно вызывать никаких проблем ...?