Я использую пакет heatmap3 для R, чтобы генерировать некоторые данные о выражении данных генной экспрессии.Каким образом heatmap3 переходит от значения к цвету?
Мой вопрос: как значения для выражения генов «отображаются» в цвета?
В качестве примера одного и того же (воспроизводимый) проблемы, позволяет использовать пример кода в виньетка на mtcars наборе данных:
library(heatmap3)
heatmap3(mtcars,scale="col",margins=c(2,10),RowSideColors=RowSideColors, balanceColor = TRUE)
Легенда показывает, что цвета в диапазоне приблизительно от -2 до плюс 3 . Если мы используем Maserati Bora как пример
mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb 15.0 8 301.0 335 3.54 3.570 14.60 0 1 5 8
мы можем видеть в том, что она Тепловой карте имеет ярко-красный цвет, то есть результат ~ 3 для карбюратора и голубого счет около -1,5 для qsec ,
Глядя на другие автомобили в наборе данных, они имеют следующий карбюратор:
4 4 1 1 2 1 4 2 2 4 4 3 3 3 4 4 4 1 2 1 1 2 2 4 2 1 2 2 4 6 8 2
Так Maserati Bora, безусловно, останец с точки зрения углерода, как это Ferrari Dino (карбюратор = 6), который также считается красным в тепловой карте.
Точно так же, глядя на qseq
16.46 17.02 18.61 19.44 17.02 20.22 15.84 20.00 22.90 18.30 18.90 17.40 17.60 18.00 17.98 17.82 17.42 19.47 18.52 19.90 20.01 16.87 17.30 15.41 17.05 18.90 16.70 16.90 14.50 15.50 14.60 18.60
Мазерати-х 14,60 близок к минимуму 14,5, который наблюдается в Форде Pantera L, который также является синим, как и следовало ожидать.
Но как мы на самом деле переходим от значения к цвету? Какова формула для расчета этого z-балла? И это усредняется на основе каждого автомобиля или за параметр (mpg, cyl и т. Д.)?