as.matrix() и as.dist() имеют разные результаты

У меня есть список «simil», который содержит 7 векторов:as.matrix() и as.dist() имеют разные результаты

> dput(simil) 
structure(list(Monday = structure(c(0.889987253484581, 0.882957894295089, 
0.882232353177177, 0.874080268021168, 0.851760771472629, 0.811536071048775 
), .Names = c("Sunday", "Tuesday", "Friday", "Wednesday", "Thursday", 
"Saturday")), Tuesday = structure(c(0.901682757072732, 0.882957894295089, 
0.874716806575548, 0.869202937572079, 0.855248496101086, 0.818659253763272 
), .Names = c("Sunday", "Monday", "Wednesday", "Friday", "Thursday", 
"Saturday")), Wednesday = structure(c(0.88354911311872, 0.874716806575548, 
0.874080268021168, 0.853293126413937, 0.851921112754124, 0.841170795359615 
), .Names = c("Sunday", "Tuesday", "Monday", "Friday", "Thursday", 
"Saturday")), Thursday = structure(c(0.86579834238668, 0.855248496101086, 
0.851921112754124, 0.851760771472629, 0.851384896045153, 0.836732564057725 
), .Names = c("Sunday", "Tuesday", "Wednesday", "Monday", "Friday", 
"Saturday")), Friday = structure(c(0.882232353177177, 0.869202937572079, 
0.856441568566172, 0.853293126413937, 0.851384896045153, 0.80098779448239 
), .Names = c("Monday", "Tuesday", "Sunday", "Wednesday", "Thursday", 
"Saturday")), Saturday = structure(c(0.866654844262859, 0.841170795359615, 
0.836732564057725, 0.818659253763272, 0.811536071048775, 0.80098779448239 
), .Names = c("Sunday", "Wednesday", "Thursday", "Tuesday", "Monday", 
"Friday")), Sunday = structure(c(0.901682757072732, 0.889987253484581, 
0.88354911311872, 0.866654844262859, 0.86579834238668, 0.856441568566172 
), .Names = c("Tuesday", "Monday", "Wednesday", "Saturday", "Thursday", 
"Friday"))), .Names = c("Monday", "Tuesday", "Wednesday", "Thursday", 
"Friday", "Saturday", "Sunday"), class = c("similMatrix", "list" 
))

теперь я хочу, чтобы преобразовать его в DIST объекта затем использовать это для hclust(). Поэтому я использую as.dist(), и я вычислить:

> as.dist(simil,diag = TRUE, upper = TRUE) 
      Monday Sunday Tuesday Friday Wednesday Thursday Saturday 
Monday 0.0000000 0.8899873 0.8829579 0.8822324 0.8740803 0.8517608 0.8115361 
Sunday 0.8899873 0.0000000 1.0000000 0.8692029 0.8747168 0.8552485 0.8186593 
Tuesday 0.8829579 1.0000000 0.0000000 0.8532931 1.0000000 0.8519211 0.8411708 
Friday 0.8822324 0.8692029 0.8532931 0.0000000 0.8519211 1.0000000 0.8367326 
Wednesday 0.8740803 0.8747168 1.0000000 0.8519211 0.0000000 0.8513849 0.8009878 
Thursday 0.8517608 0.8552485 0.8519211 1.0000000 0.8513849 0.0000000 1.0000000 
Saturday 0.8115361 0.8186593 0.8411708 0.8367326 0.8009878 1.0000000 0.0000000

Но это немного другой результат от того, когда я использую as.matrix():

> as.matrix(simil) 
      Monday Tuesday Wednesday Thursday Friday Saturday Sunday 
Monday 1.0000000 0.8829579 0.8740803 0.8517608 0.8822324 0.8115361 0.8899873 
Sunday 0.8899873 0.9016828 0.8835491 0.8657983 0.8564416 0.8666548 1.0000000 
Tuesday 0.8829579 1.0000000 0.8747168 0.8552485 0.8692029 0.8186593 0.9016828 
Friday 0.8822324 0.8692029 0.8532931 0.8513849 1.0000000 0.8009878 0.8564416 
Wednesday 0.8740803 0.8747168 1.0000000 0.8519211 0.8532931 0.8411708 0.8835491 
Thursday 0.8517608 0.8552485 0.8519211 1.0000000 0.8513849 0.8367326 0.8657983 
Saturday 0.8115361 0.8186593 0.8411708 0.8367326 0.8009878 1.0000000 0.8666548

as.dist() С, матрица не полностью симметричны, а некоторые пары становятся неправильными, чего не происходит с as.matrix(). Почему это? Как я могу это исправить?

источник

2016-05-21 Jonathan Zimmermann

Если это «список», как вы упомянули, 'sapply/lapply' - это методы для циклического перехода по« списку ». Было бы лучше, если бы вы опубликовали dput примера; e – akrun

Я обновил вопрос с помощью dput(). Но я не понимаю, как использовать sapply/lapply для преобразования моего списка в объект dist? Разве is.dist() не должен делать это уже? –

Основываясь на вашей dput, используемые вами коды не дают результат, который вы показывали, но 'simplify2array (simil)' дает матрицу – akrun

Так что в конце концов мне удалось зафиксировать его первым преобразования в матрицу, то swaping порядок строк, и, наконец, изменения в DIST объекта:

simil = as.matrix(simil) 
simil = simil[ c(1,3,5,6,4,7,2),] 
simil = as.dist(1-simil,diag = TRUE, upper = TRUE) 

> simil 
       Monday Tuesday Wednesday Thursday  Friday Saturday  Sunday 
Monday 0.00000000 0.11704211 0.12591973 0.14823923 0.11776765 0.18846393 0.11001275 
Tuesday 0.11704211 0.00000000 0.12528319 0.14475150 0.13079706 0.18134075 0.09831724 
Wednesday 0.12591973 0.12528319 0.00000000 0.14807889 0.14670687 0.15882920 0.11645089 
Thursday 0.14823923 0.14475150 0.14807889 0.00000000 0.14861510 0.16326744 0.13420166 
Friday 0.11776765 0.13079706 0.14670687 0.14861510 0.00000000 0.19901221 0.14355843 
Saturday 0.18846393 0.18134075 0.15882920 0.16326744 0.19901221 0.00000000 0.13334516 
Sunday 0.11001275 0.09831724 0.11645089 0.13420166 0.14355843 0.13334516 0.00000000

Это может быть связано с тем, что " simil "был создан из функции сходства() пакета quanteda.

источник

2016-05-21 21:01:41

as.matrix() и as.dist() имеют разные результаты

ответ

Смежные вопросы