0
бегаю пакетное задание на вычислительную систему с высокой производительностью для сортировки выровнен чтения и используется GNU параллельно, чтобы ускорить свою работу, но моя работа не удалось по следующей причине:
parallel: Error: Output is incomplete. Cannot append to buffer file in $TMPDIR. Is the disk full? parallel: Error: Change $TMPDIR with --tmpdir or use --compress.
Моя работа сценарий выглядит следующим образом:
module load samtools/1.2
export TMPDIR=/scratch/$SLURM_JOBID
cd /data
ls *sam* | parallel "samtools sort –T /scratch/$SLURM_JOBID/{.} -O bam -o {}.bam {}"
кто-нибудь знает, как решить эту проблему?
Я уже пробовал: ls * sam * | parallel --compress --tmpdir/scratch/$ SLURM_JOBID "samtools sort -T/scratch/$ SLURM_JOBID/{.} -O bam -o {} .bam {}" Но это все еще не работает. – lisa
Но есть/scratch/$ SLURM_JOBID достаточно большой для этого? Можете ли вы использовать другой каталог, где есть больше свободного места? GNU Parallel пытается сказать вам, что свободное пространство слишком мало. –
Я выделил 500 ГБ для/scratch/$ SLURM_JOBID. Как вы думаете, мой код для изменения и установки $ TMPDIR верен или нет? экспорт TMPDIR =/царапина/$ SLURM_JOBID ls * sam * | parallel --compress --tmpdir/scratch/$ SLURM_JOBID "samtools sort -T/scratch/$ SLURM_JOBID/{.} -O bam -o {} .bam {}" – lisa