Я изучал STAN несколько лет назад, когда учебная модель была 8schools.stan, а затем занята другими вещами в течение нескольких лет. Я сейчас снова пытаюсь переучивать STAN. Теперь учебная модель - это просто schools.stan. Я запустил эти две версии одной и той же базовой модели, установив семя в одно и то же значение. Я получаю два результата, которые очень похожи, но не идентичны, но с поразительно разными значениями для lp__.RSTan разница между 8schools.stan и schools.stan
Единственная разница между 8schools.stan и schools.stan находится в разделе модели. Разница между двумя файлами:
[c:\Larry\R-Spaces\STAN]# diff 8schools.stan school.stan
7,18c17,18
eta ~ normal(0, 1);
y ~ normal(theta, sigma);
--
target += normal_lpdf(eta | 0, 1);
target += normal_lpdf(y | theta, sigma);
9a20
Как я понимаю, эти два утверждения модели эквивалентны. Я запустил две модели, используя тот же набор данных school_dat, указанный в учебнике, используя следующий вызов STAN, изменяя только fit1 до fit2 и меняя файл STAN с 8schools.stan на schools.stan для двух прогонов.
fit2 <- stan(
file = "schools.stan", # Stan program
data = schools_dat, # named list of data
chains = 4, # number of Markov chains
warmup = 1000, # number of warmup iterations per chain
iter = 2000, # total number of iterations per chain
cores = 4, # number of cores (using 2 just for the vignette)
refresh = 1000, # show progress every 'refresh' iterations
seed = 5
)
Результаты для 8schools:
mean se_mean sd 2.5% 25% 50% 75% 97.5% n_eff Rhat
mu 8.07 0.12 5.12 -1.57 4.73 7.92 11.25 19.01 1839 1
tau 6.54 0.14 5.55 0.20 2.45 5.19 9.06 21.00 1491 1
eta[1] 0.37 0.01 0.92 -1.45 -0.24 0.39 0.98 2.12 4000 1
...
...
theta[8] 8.68 0.14 8.03 -5.68 3.79 8.15 12.92 26.57 3403 1
lp__ -4.79 0.07 2.51 -10.25 -6.37 -4.57 -3.04 -0.41 1202 1
и для schools.stan:
mean se_mean sd 2.5% 25% 50% 75% 97.5% n_eff Rhat
mu 8.04 0.19 5.25 -2.05 4.76 7.84 11.20 18.65 730 1.00
tau 6.34 0.20 5.46 0.22 2.33 5.00 8.86 21.39 724 1.01
eta[1] 0.35 0.02 0.94 -1.56 -0.28 0.38 0.99 2.12 3071 1.00
...
...
theta[8]8.43 0.15 7.63 -6.59 3.78 8.13 12.63 25.05 2742 1.00
lp__ -39.67 0.07 2.60 -45.31 -41.23 -39.45 -37.81 -35.25 1336 1.00
Результаты двух моделей довольно близки, но не идентичны, за исключением lp__ , что совсем другое. Я подозреваю, что две модели составлены несколько иначе, так что семена не дали одинаковых значений. Но действительно ли эти два модельных заявления идентичны? Помимо незначительных различий в оцененных параметрах - хорошо в пределах изменчивости, ожидаемой от выборки (но обратите внимание на идентичное семя), поразительная разница в значении lp__.
Что здесь происходит? Заранее благодарим любого, кто может прояснить эту проблему для меня.