Обычные WAV-файлы, соответствующие спецификации Microsoft, довольно ограничены по количеству каналов, схемам сжатия, битовой глубине и частотам выборки, которые они могут иметь. Расширяемая версия, как следует из обозначения, расширяет эти параметры: MS docs.
На практике все немного сложнее. Некоторые программы могут писать нестандартные совместимые WAV-файлы, которые по-прежнему могут быть прочитаны другими программами, в то время как другие программы не могут читать менее распространенную расширяемую версию, даже если она совместима.
Если вы хотите узнать, правильно ли работает tuneR или нет, вы можете использовать что-то вроде SoX, чтобы более подробно ознакомиться с файловой структурой.