Allen Brain Institute - пример обсерватории мозга

Question

Я пытаюсь следовать примеру brain observatory ipython notebook.

Однако, я застрял, загрузив файл nwb, как показано ниже.

from allensdk.core.brain_observatory_cache import BrainObservatoryCache 
boc = BrainObservatoryCache(manifest_file='boc/manifest.json') 

data_set = boc.get_ophys_experiment_data(501940850) # problem here 

Итак, я открыл файл nwb по HDFview.

Все обсерватории головного мозга nwb файлы не были открыты кроме 502376461.nwb.

Когда я попытался открыть 502376461.nwb в примере ноутбука ipython от allen, он сработал! Но остальные (501940850, 503820068 ...) потерпели неудачу, как указано выше.

Answer 1

Резюмируя нить из GitHub:

https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/issues/22

Файлы были частично загружены или повреждены каким-то образом. Во время загрузки никаких исключений не было, поэтому урлиб не должен был замечать проблему.

Разработчики AllenSDK изучают некоторую проверку целостности файла и/или другую библиотеку HTTP.

https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/issues/28

Если другие бегут в этом, вы можете удалить плохой файл и повторно запустить функцию загрузки (BrainObservatoryCache.get_ophys_experiment_data). Файлы загружаются в подкаталог BrainObservatoryCache manifest file, который по умолчанию используется для текущего рабочего каталога, если он не указан.