Нет, потому что версия 1.1 фреймворка должна работать отлично на CLR Runtime, которая поставляется с 2.0. Если вы не делаете что-то странное, ваше приложение работает только в одном приложении AppDomain, который, вероятно, 2.0, поэтому все в этом AppDomain должно работать на 2.0, включая ваши библиотеки 1.1.
Структура .NET 3.5 является расширением среды 2.0. Поэтому, когда я говорю, 2.0, 3.0 и 3.5 включены в это.
Таким образом, вы полностью отстранены от перспективы выполнения. Не зная больше о библиотеках, вы можете использовать устаревшие API, которые были улучшены в новой структуре, но это единственное место, где может возникнуть проблема.