Нанесение трех плотностей на один и тот же график в разных строках с названиями и т. Д.

Question

Я очень, очень новичок в R, поэтому, пожалуйста, простите основную суть моего вопроса. Короче говоря, я сделал много поисковых запросов Google, чтобы попытаться ответить на это, но я считаю, что даже доступные основные руководства и простые обсуждения на форумах предполагают более предварительные знания, чем я, особенно когда речь заходит о том, что все термины кодирования и то, что их изменение означает для сюжета.

Короче говоря, у меня есть таблица с отформатированными вкладками с тремя столбцами данных, которые я хочу рассчитать плотности для одного графика. Я хотел бы, чтобы линии были разными шаблонами (пунктирными, пунктирными и т. Д., Что бы облегчить их различие, я не могу использовать цвета, поскольку мой наблюдатель является цветным слепым).

У меня есть код, который считывает данные и делает доступными столбцы Я заинтересован в:

mydata <- read.table("c:/Users/Demon/Desktop/Thesis/Fst_all_genome.txt", header=TRUE, 
sep="\t") 

fstdata <- data.frame(Fst_ceu_mkk =rnorm(10), 
         Fst_ceu_yri =rnorm(10), 
         Fst_mkk_yri =rnorm(10)) 

Куда я иду отсюда?

Answer 1

Appendix A of 'An Introduction to R' имеет приятное руководство по прохождению, которое вы можете сделать за десять минут; он учит, среди прочего, о типах линий и т. д.

После этого здесь также объяснялись плотности плотностей; выполните поиск в окне поиска выше, например, «[r] плотность». Существует также R Graph Gallery (возможно, прямо сейчас) и многое другое.

Приятный бесплатный гид, который я часто рекомендую, это simpleR от John Verzani, который очень много подчеркивает графики и научит вас, что вам нужно здесь.

Answer 2

Два варианта для изучения с использованием высокоуровневой графики.

# dummy data 
d = data.frame(x = rnorm(10), y = rnorm(10), z = rnorm(10)) 

Сначала необходимо изменить данные от широкоугольного до длинного формата,

require(reshape2) 
m = melt(d) 

ggplot2 графики

require(ggplot2) 
ggplot(data = m, mapping = aes(x = value, linetype = variable)) + 
     geom_line(stat = "density") 

решетчатые графики

Используя тот же melt()ed данные,

require(lattice) 
densityplot(~ value, data = m, group = variable, 
      auto.key = TRUE, par.settings = col.whitebg()) 

Answer 3

Если вам нужно что-то очень простое, вы могли бы сделать просто:

plot(density(mydata$col_1)) 
lines(density(mydata$col_2), lty = 2) 
lines(density(mydata$col_2), lty = 3) 

Если кривые второй и третьей плотности находятся далеко от первых, вам необходимо определить пределы ху от области графика явно:

dens1 <- density(mydata$col_1) 
dens2 <- density(mydata$col_2) 
dens3 <- density(mydata$col_3) 

plot(dens1, xlim = range(dens1$x, dens2$x, dens3$x), 
    ylim = range(dens1$y, dens2$y, dens3$y)) 
lines(density(mydata$col_2), lty = 2) 
lines(density(mydata$col_2), lty = 3) 

Надеюсь, что это поможет.