При поиске по столбцам User_ID или User_ID и Company_ID оба индекса могут выполнить это. Тем не менее, только индекс PK был бы идеальным, если в дополнение к этим двум полям также запрашивается Department_Id.
Если запрос фильтрует User_ID и Company_ID и должен возвращать другие столбцы данных, индекс PK по-прежнему является лучшим, так как он имеет все данные, которые можно использовать. В то время как некластеризованный индекс не так, вероятно, понадобится Key Lookup, чтобы вытащить дополнительные поля, которые не так эффективны.
Это выглядит излишним для меня, поэтому я определенно подумаю об удалении его.
Чтобы узнать, действительно ли используется индекс/получить представление об уровне использования, вы можете запустить один из различных сценариев статистики использования индекса. Хорошим примером является here.