Programatically самый удобный способ просто использовать печати функцию в файл, и чтения функции из файла. Обязательно проверьте print-dup read-eval если вы выберете этот подход. Плюсы: простой, легкий, удобочитаемый/редактируемый. Минусы: язык специфический.
Clojure также имеет встроенный XML-ридер, так что это правильный выбор, если у вас есть требование, чтобы данные каким-то образом взаимодействовали с другими приложениями XML ... но я бы не рекомендовал XML, если у вас нет конкретного нужно для этого. Плюсы: иногда требование. Минусы: уродливая, дополнительная работа.
Существует также отличная библиотека JSON в clojure-contrib, если вы хотите альтернативу s-exp. Плюсы: совместимы. Минусы: дополнительная работа.
Вот хорошая дискуссия об этих методах: http://groups.google.com/group/clojure/browse_thread/thread/4042e7a087f43c9a/a90b9bc58cc9ec3?q=data+file+group:clojure#0a90b9bc58cc9ec3