0
Я отправляю пакетный файл в кластер slurm, который awks поля с тем же infile и добавляет к выводу. Первые несколько строк работают, но затем он умирает. Он умирает, прежде чем повторять второй раз. Было бы неплохо, если бы кто-то отлаживал или показывал мне лучший скрипт, но я хотел бы знать, почему (или если) файл bash будет разбиваться, когда он будет выполнять одну и ту же работу снова и снова. сообщениеAwking несколько раз в файле сценария оболочки
#!/bin/bash
#SBATCH -A b2014091
#SBATCH -p core
#SBATCH -n 1
#SBATCH -t 23:00:00
#SBATCH -J sbatch
#input was MK...vcf
input=$1
output=$(grep -v '^#' ${input} | awk '(substr($12,1,3)=="1/1") && (substr($15,1,3)=="1/1") {print $0}')
echo "$output\n" >> /proj/b2014091/nobackup/potHomoF1.txt
output=$(grep -v '^#' ${input} | awk '(substr($12,1,3)=="0/0") && (substr($15,1,3)=="0/0") {print $0}')
echo "$output\n" >> /proj/b2014091/nobackup/potHomoF1.txt
output=$(grep -v '^#' ${input} | awk '(substr($12,1,3)=="1/1") && (substr($15,1,3)=="./.") {print $0}')
echo "$output\n" >> /proj/b2014091/nobackup/potHomoF1.txt
output=$(grep -v '^#' ${input} | awk '(substr($12,1,3)=="./.") && (substr($15,1,3)=="1/1") {print $0}')
echo "$output\n" >> /proj/b2014091/nobackup/potHomoF1.txt
output=$(grep -v '^#' ${input} | awk '(substr($12,1,3)=="0/0") && (substr($15,1,3)=="./.") {print $0}')
echo "$output\n" >> /proj/b2014091/nobackup/potHomoF1.txt
output=$(grep -v '^#' ${input} | awk '(substr($12,1,3)=="./.") && (substr($15,1,3)=="0/0") {print $0}')
echo "$output\n" >> /proj/b2014091/nobackup/potHomoF1.txt
Ошибка:
slurmstepd: get_exit_code задача 0 умер от сигнала
Пример поля 12-15:
1/1:0,38:38:99:1149,114,0 1/1:0,39:39:99:1161,117,0 1/1:0,46:46:99:1383,138,0 0/1:21,18:39:99:413,0,524
Что такое сообщение об ошибке, когда он терпит неудачу? – 2014-09-08 09:27:21
Также вы можете привести пример строки, из которой вы берете субстраты? – 2014-09-08 09:39:51