Как сделать RasterBrick из файлов HDF5? R

Question

Как сделать Rasterbrick в R из нескольких hdf5 файлов? Часто данные представлены в формате hdf5, и для его удобства необходимо преобразовать его в более удобный формат.

На данный момент я знаю rhdf5 package, но как получить RasterBrick - это то, о чем я не уверен.

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("rhdf5") 
library("rhdf5") 
library("raster") 

Доступ к нескольким файлам hdf5 по этой ссылке http://mirador.gsfc.nasa.gov/cgi-bin/mirador/cart.pl?C1=GPM_3IMERGHH&CGISESSID=fb3b45e091f081aba8823f3e3f85a7d9&LBT_THRESHOLD=4000000.

Для иллюстрации могут быть использованы два файла.

Спасибо!

AT.

Answer 1

Один вариант использует gdalUtils для преобразования hdf5 файлов в GTiff. После этого вы можете прочитать их в стеке. Ниже приведен пример кода:

# list all the `hdf5` files 
files <- list.files(path=".", pattern=paste(".*.h5",sep=""), all.files=FALSE, full.names=TRUE) 
#choose the band that you want using the sds[] option and write GTiff files. 
    for (i in (files)) { 
    sds <- get_subdatasets(i) 
    r2 <- gdal_translate(sds[1], dst_dataset =paste(i,".tif",sep=""))}