Я учусь, как делать PCoA, но когда я тестирую metaMDS, результат будет другим.«metaMDS» может делать как PCoA, так и NMDS?
NMDS<-metaMDS(eurodist)
plot(NMDS)
NMDS<-metaMDS(as.dist(eurodist))
plot(NMDS$points)
http://www.davidzeleny.net/anadat-r/doku.php/en:pcoa_nmds это где я узнал. Я думал, MDS для PCoA, в то время как NMDS нет, доза вышеуказанного среднего значения выборки metaMDS может делать как MDS, так и NMDS?
Вы первая проблема в том, что plot(NMDS$points) не создает график правильно; Вы должны нарисовать участок с равным масштабированием оси или соотношением сторон 1. Если вы рисуете график правильно вручную, то нет никакой разницы:
layout(matrix(1:2, ncol = 2))
plot(metaMDS(eurodist)$points, asp = 1, main = "aps = 1")
plot(metaMDS(eurodist), main = "plot.metaMDS")
layout(1)
Есть веские причины, почему мы обеспечиваем S3 для таких вещей, как scores и plot, поэтому вам не нужно запоминать детали. Если вы уходите с трассы, вам нужно потеть детали.
Это должно теперь ответить на ваш главный вопрос; нетmetaMDS()нет do * главный координаты анализ. Если вам нужен анализ основных координат, см. ?capscale.
Спасибо за помощь. Но была и другая проблема с PCoA (Principal Coordinate Analysis). Этот метод также известен как MDS (Метрическое многомерное масштабирование). http://www.davidzeleny.net/anadat-r/doku.php/en:pcoa_nmds Поскольку 'metaMDS()' не делает PCoA, почему вы показываете «MDS1» или «MDS2» в x и y при использовании 'plot (metaMDS (eurodist) $ points'? – Ming
Это имена на матрице, мы должны изменить их как' NMDSx', чтобы они соответствовали сюжету, но вы поняли, что M в MDS для * multi *, not * metric *? [MDS - это общий термин для набора методов, которые сопоставляют (dis) схожесть в низкоразмерном пространстве] (https://en.wikipedia.org/wiki/Multidimensional_scaling). Метрическая MDS и неметрическая MDS - это всего лишь два разновидности класса MDS. Некоторые люди играют немного быстро и свободно с терминологией. Поэтому не стоит называть столбец «MDSx», но это, возможно, немного запутанно и, конечно, противоречит «сюжету» метод –
Огромное вам спасибо. Я думаю, что мне нужны некоторые базовые знания, чтобы задуматься об этом. Я очень ценю вашу информацию. Я изучаю методы ординации [здесь] (Http://ordination.okstate.edu/). Кстати, есть ли разница между 'capscale' и' cmdscale', так как оба были 'PCoA'? – Ming