Новичок здесь, я пытаюсь использовать модуль Bioperl в среде perl. Моя конфигурация являютсяОшибка тестирования Bioperl в Perl
- Windows Vista/32
- Активный Perl 5.10.1
- Bioperl 1.6.1
- Padre и Per Studio 2010 IDE
Для установки ориентира я прошел BioPerlWiki и используется метод PPM. Я успешно установил его.
Чтобы проверить, был ли Bioperl работать я futher следовал:
use Bio::Perl; // Is working without error
Но когда я попытался сделать futher проверки как
#!C:\Perl\bin
use Bio::Perl;
use strict;
$seq_object = get_sequence('swissprot',"ROA1_HUMAN");
write_sequence(">roa1.fasta",'fasta',$seq_object);
Тогда я получаю ошибку
Global symbol "$seq_object" requires explicit packages name at c:\.......\example.pl line 4
Global symbol "$seq_object" requires explicit package name at c:\........\example.pl line 5
Execution of C:\...... \example.pl aborted due to compilation erros
I пошел на c:\perldoc Bio::Perl
и знал, что это использует, еще больше я попытался проследить ошибки th грубый Google тоже, но не знаю, что случилось.
Я знаю, что Perl и bioperl тоже будут в системном пути. Может ли кто-нибудь указать мне, какие глупые ошибки я делал?
попросит bioperl список рассылки, но я знаю их réponse не так быстро, как StackOverflow
Спасибо
Помимо превосходного ответа Юджина, вы должны рассмотреть возможность чтения нескольких базовых учебников Perl по perldoc (в отличие от документации модуля BioPerl) - это сэкономит вам значительное количество времени и усугубляется. http://perldoc.perl.org/index-tutorials.html – DVK