Есть ли какой-либо автоматический способ преобразования списка длинных имен генов (например, Cadherin_3453) в его сокращения, например CDHRN_3453? Есть ли какое-либо сокращение названия конвенции в геномике, биоинформатике?Как изменить длинные имена генов сокращенно в некотором автоматическом режиме (обработка данных микрочипов)?
К сожалению, нет кода здесь,
Там не является HUGO database, которая пытается унифицировать названия генов. В зависимости от вашего варианта использования вы можете либо попытаться получить доступ к их онлайн-поиску каждый раз, либо download the data и использовать вашу собственную базу данных.
Поскольку вы не опубликовали язык программирования, который вам нужен, я предполагаю, что это просто одноразовое упражнение, которое вы хотели бы сделать.
Хотя это не настоящая аббревиатура, вы можете просто удалить все гласные в имени гена (как вы, возможно, сделали это случайно в вашем примере).
Вы должны использовать:
http://www.togglecase.com/convert_to_disemvowelled_text.php
Он был в состоянии изменить Cadherin_3453 к Cdhrn_3453.
Если Вы хотите быть в состоянии сделать это с помощью программы, которую можно адаптировать к конкретным потребностям, вы можете посмотреть на этот вопрос: SO String replace vowels in Python?