Переименование длинных имен файлов в натуральном

Question

У меня есть имена файлов, как:

5_END_1033_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz 
5_END_1033_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz 
40_END_251_GTGAAA_L002_R1_001.fastq.gz 
40_END_251_GTGAAA_L002_R2_001.fastq.gz 

Я хочу что-то вроде:

END_1033_R1.fastq.gz 
END_1033_R2.fastq.gz 
END_251_R1.fastq.gz 
END_251_R2.fastq.gz 

Есть хорошие способы переименовывать эти файлы в Linux?

Answer 1

Вы можете попробовать использовать цикл, чтобы извлечь важную часть файла:

for file in ./*.gz; do newname=$(echo $file | sed -re 's/^([^ACAGTG]+).*(R[1-3]).*/\1\2\.fastq\.gz/g'); echo $newname; done 

Это просто даст вам новый список имен файлов. Вы можете перемещать их:

for file in ./*.gz; do newname=$(echo $file | sed -re 's/^([^ACAGTG]+).*(R[1-3]).*/\1\2\.fastq\.gz/g'); mv $file $newname; done 

Чтобы разорвать этот вниз немного:

• петли над * .gz файлами
• создать переменную, которая удаляет ненужное содержание от имени
• переместите имя файла на это новое имя

Я ожидаю, что есть лучшие способы сделать это, но это то, что я придумал с верхней части моей головы.

Тест:

$ ls 
40_END_251_GTGAAA_L002_R1_001.fastq.gz 40_END_251_GTGAAA_L002_R2_001.fastq.gz 5_END_1033_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz 5_END_1033_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz 

$ for file in ./*.gz; do newname=$(echo $file | sed -re 's/^([^ACAGTG]+).*(R[1-3]).*/\1\2\.fastq\.gz/g'); echo $newname; done 
./40_END_251_R1.fastq.gz 
./40_END_251_R2.fastq.gz 
./5_END_1033_R1.fastq.gz 
./5_END_1033_R2.fastq.gz 

$ for file in ./*.gz; do newname=$(echo $file | sed -re 's/^([^ACAGTG]+).*(R[1-3]).*/\1\2\.fastq\.gz/g'); mv $file $newname; done 

$ ls 
40_END_251_R1.fastq.gz 40_END_251_R2.fastq.gz 5_END_1033_R1.fastq.gz 5_END_1033_R2.fastq.gz 

Примечание Я делаю это в Баш 4.4.5

EDIT Учитывая, что я не совсем уверен, какие столбцы в имени являются наиболее важными , awk может работать лучше:

for file in ./*.gz; do newname=$(echo $file | awk -F'_' '{print $2 "_" $3 "_" $6}' -); echo $newname; done 

Это будет расколоть имя файла с помощью _ и позволяют ссылаться на столбцы, которые вы хотите с помощью $X:

for file in ./*.gz; do newname=$(echo $file | awk -F'_' '{print $2 "_" $3 "_" $6}' -); mv $file "${newname}.fastq.gz"; done