pandoc и rmarkdown: Не удается получить изображение на один уровень выше документа rmarkdown.

Question

Я только начинаю использовать rmarkdown, pandoc и knitr. У меня много трудностей, пытаясь заставить pandoc получить изображение, которое находится на одном уровне над документом rmarkdown. Например, рассмотрим наш каталог проекта ~/тест, следующий rmarkdown находится в ~/тест/скриптов:

--- 
title: "test" 
--- 

```{r global_options, include=FALSE} 
library('knitr') 
opts_knit$set(root.dir = '~/test') 
``` 

![test](figures/test.svg) 

Я затем запустить команду Rscript -e "rmarkdown::render('scripts/test.Rmd')" из каталога ~/тест. И это дает мне ошибку:

pandoc: Could not fetch figures/test.svg 
figures/test.svg: openBinaryFile: does not exist (No such file or directory) 

Я бы подумал, установив root.dir быть директория проекта, что pandoc будет получать файлы по сравнению с этим? Но кажется, что «рабочий каталог» всегда установлен относительно того, где находится документ rmarkdown? Любая помощь будет оценена по достоинству. Спасибо,

>sessionInfo() 
R version 3.1.0 (2014-04-10) 
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit) 

locale: 
[1] LC_CTYPE=en_CA.UTF-8  LC_NUMERIC=C    LC_TIME=en_CA.UTF-8  LC_COLLATE=en_CA.UTF-8  LC_MONETARY=en_CA.UTF-8 LC_MESSAGES=en_CA.UTF-8 
[7] LC_PAPER=en_CA.UTF-8  LC_NAME=C     LC_ADDRESS=C    LC_TELEPHONE=C    LC_MEASUREMENT=en_CA.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C 

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets methods base 

other attached packages: 
[1] vimcom_1.0-0 setwidth_1.0-3 colorout_1.0-2 

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] tools_3.1.0` 

Answer 1

Pandoc не знает knitr «s root.dir вариант. Вы должны писать пути относительно текущего рабочего каталога, например, ../figures/test.svg. Или запустите Rscript под каталогом scripts.

Если вы только начали использовать rmarkdown и knitr, я настоятельно рекомендую вам не использовать опцию root.dir, если вы действительно не понимаете, что это значит. Эти каталоги могут быть really, really tricky.