Во первых с #include
используется только в классическом ASP и не имеет никакого значения в ASP.NET, так что вы должны повторно задать свой вопрос. Поэтому, когда вы включают, он фактически принимает содержимое этого файла и помещает его в то место, где оно должно быть включено, поэтому вы получаете один файл, загруженный клиенту.
Когда вы включаете javascript-файл, содержимое файла не помещается внутри основного скрипта, но браузер отправляет отдельный запрос для его получения. Это предпочтительный способ включения javascript.