Есть ли способ изменить несколько (до десяти) паттернов в одном файле fasta с помощью sed? Например, я хочу, чтобы изменить X на Y:Sed для редактирования нескольких шаблонов
sed "s/X/Y/g" <file1.fasta> output.fasta
как добавить sed "s/\s/_/g" и еще 8 команд к тому же однострочника?
Вы можете разделить команды точкой с запятой
sed 's/a/b/;s/c/d/'
(вы можете также использовать новые строки вместо запятой)
или вы можете использовать несколько -e S:
sed -e 's/a/b/' -e 's/c/d/'
видеть этот пример : (тест с gnu sed):
kent$ echo 'abcd'|sed 's/a/1/;s/b/2/;s/c/3/;s/d/4/'
1234
kent$ echo 'abcd'|sed 'y/abcd/1234/'
1234
Не обматывает линии fasta, так что это было бы неверно; и что вы ожидаете, чтобы достичь здесь bash, awk и python? –
Вы заменяете все отдельные символы каждый раз? – anubhava
Я обычно изменяю расширение .fasta на .txt, а затем обрабатываю его с помощью bash – Bio21