Как преобразовать файл vcf в файл ped с помощью plink?

Question

Я пытаюсь преобразовать файл .vcf в .ped файл, используя plink. Я прочитал несколько руководств и сообщений в Интернете, но, похоже, никто не упоминает, как конвертировать vcf в ped.

Я надеюсь, что здесь могут быть некоторые эксперты, у которых есть опыт использования plink для преобразования vcf в ped. Я был бы признателен, если бы вы могли поделиться знаниями. Более того, если есть другой способ (non-plink) сделать это, пожалуйста, разделите его.

Спасибо!

Answer 1

конвертировать мои VCF файлов Plink форматов (PED, ф, карты) с использованием VCFtools: http://vcftools.sourceforge.net/man_latest.html

Моими команд выглядят так:

vcftools --vcf my_data.vcf --out my_data --plink