TopHat 2, похоже, не распознает или не использует назначенный выходной каталог

Question

Я пытаюсь настроить конвейер анализа данных в TopHat. По какой-то причине я не могу заставить программу использовать назначенный выходной каталог. Я попытался следующие команды:

--output-dir "/path" \ 
--output-dir /path \ 
-o "/path" \ 
-o /path \ 

Однако все файлы продолжают быть записаны в ./tophat_out

Кто-нибудь сталкивался с подобной проблемой?

Answer 1

Я столкнулся с этой проблемой, указав все параметры, прежде чем геном и файлы последовательности решают это.