Я не получаю сообщение об ошибке в моем qsub журнал ошибок, даже если я бегу в ошибку

Question

Вот мой .sh сценарий

#PBS -N Polygenic 
#PBS -S /bin/bash 
#PBS -l walltime=8:00:00 
#PBS -l nodes=1:ppn=8 
#PBS -l mem=4gb 
#PBS -o $HOME/${PBS_JOBNAME}.o${PBS_JOBID}.log 
#PBS -e $HOME/${PBS_JOBNAME}.e${PBS_JOBID}.err 

module load R 
Rscript /group/stranger-lab/ebeiter/PolygenicAdaptationCode-master/Example/Run_Files/exampleHeightRunFile.R 

Я знаю, что мой Rscript работает в ошибку в строке 71 из 390, потому что я запустил его за пределами кластера, и он останавливается. Но когда я заглядываю в свой журнал ошибок, он полностью пуст. Задание занимает около 6 часов, и то, что я делаю, просто запускает его на моем 4GB Ram Macbook, но это занимает так много времени, и труба ломается к моей оболочке, и я убираю время. Я хочу представить его как задание кластеру в качестве qsub, но я не получаю никакой обратной связи об ошибках в моем журнале, поэтому я не могу этого сделать. Что происходит не так?

Answer 1

Я предлагаю перенаправить ошибки из Rscript. Я запускаю его как

Rscript >>output.txt 2>&1 script.R 

в скрипте PBS. Я подозреваю, что ошибки Rscript не пойманы планировщиком.