R caret: rfe nnet «undefined columns selected»

Question

У меня возникают проблемы при применении рекурсивного выбора функций до nnet моделей с caret::rfe; Я получаю следующее сообщение об ошибке:

Ошибка в {: Задача 1 не удалось - «неопределенные столбцы выбраны»

Реальная задача более сложная, чем следующий пример, но я уверен, что это аналогичная проблема:

library(caret) 

rfe(x = iris[,1:3], 
     y = iris[,4]/max(iris[,4]), 
     sizes = c(2), 
     method="nnet", 
     rfeControl = rfeControl(functions = caretFuncs) 
     ) 

Я знаю, что эта ошибка может возникнуть при попытке выбрать больше возможностей, чем имеются в х (например, см https://stats.stackexchange.com/questions/18362/odd-error-with-caret-function-rfe), но это не кажется, проблема здесь. Я также использовал очень похожие вызовы в более ранних версиях каретки, без этой проблемы.

Я использую R 3.3.1 и каретку 6.0.71.

Большое спасибо за помощь.

EDIT: Я просмотрел архивные версии каретки и обнаружил, что пример кода работает в версиях каретки < = 6.0.62.

Answer 1

Я прошел через архивные версии каретки и обнаружил, что пример кода работает в версиях каретки < = 6.0.62. Это также решает проблемы, возникшие у моего исходного кода. Я сообщил об этой проблеме в кат-github.

EDIT: Проблема теперь исправлена: https://github.com/topepo/caret/issues/485