f2py: input not fortran смежный

Question

Я завернул код fortran с f2py. Вот Фортран код:

MODULE iteration 
implicit none 
contains 

SUBROUTINE iterate(alpha, beta, e, es, rank, omega, smearing, prec, max_step) 
    REAL(kind=8), INTENT(in) :: omega, smearing, prec 
    INTEGER :: max_step, step, rank, cnt 
    COMPLEX(kind=16) :: alpha(rank,rank), beta(rank,rank), omega_mat(rank, rank), green(rank, rank) 
    COMPLEX(kind=16), INTENT(inout) :: e(rank,rank), es(rank,rank) 
    step = 0 
    omega_mat = 0 
    DO cnt=1, rank 
     omega_mat(cnt, cnt) = 1.0 
    ENDDO 
    omega_mat = omega_mat * (omega + (0.0, 1.0) * smearing) 
    DO WHILE (minval(abs(alpha)) .gt. prec .or. minval(abs(beta)) .gt. prec .and. step .lt. max_step) 
     green = zInverse(rank, omega_mat - e) 
     e = e + matmul(alpha, matmul(green, beta)) + matmul(beta, matmul(green, alpha)) 
     es = es + matmul(alpha, matmul(green, beta)) 
     alpha = matmul(alpha, matmul(green, alpha)) 
     beta = matmul(beta, matmul(green, beta)) 
     step = step + 1 
    ENDDO 
END SUBROUTINE iterate 

FUNCTION zInverse(n, a) result(ra) 
    INTEGER :: n,lda,ipiv(n),info,lwork 
    COMPLEX(kind=16)::a(n,n),ra(n,n),work(n) 
    ra=a 
    lwork=n 
    lda=n 
    CALL zgetrf(n, n, ra, lda, ipiv, info) 
    IF(info/=0) WRITE(0,*) 'Error occured in zgetrf!' 
    CALL zgetri(n, ra, lda, ipiv, work, lwork, info) 
    IF(info/=0) WRITE(0,*) 'Error occured in zgetri!' 
END FUNCTION zInverse 
END MODULE iteration 

, а затем я составил код с f2py -L/usr/lib -llapack -m pyiteration -c iteration.F90 и протестированы с

import numpy as np 
import pyiteration 
alpha = np.array([[1,0],[0,1]], dtype='complex') 
beta = np.array([[1,0],[0,1]], dtype='complex') 
e = np.array([[1,0],[0,1]], dtype='complex') 
es = np.array([[1,0],[0,1]], dtype='complex') 
# f2py is automatically generating rank for me 
pyiteration.iteration.iterate(alpha,beta, e, es, 1.0, 0.001, 0.001, 100) 

Однако, я получил следующее сообщение об ошибке: ValueError: failed to initialize intent(inout) array -- input not fortran contiguous.

Я нашел googled и нашел, что f2py должен автоматически сделать массив fortran смежным. Тогда что здесь происходит?

Answer 1

Вы должны создать массивы в качестве Fortran-прилегающего упорядоченное с помощью order='F', так что:

alpha = np.array([[1,0],[0,1]], dtype='complex', order='F') 
beta = np.array([[1,0],[0,1]], dtype='complex', order='F') 
e = np.array([[1,0],[0,1]], dtype='complex', order='F') 
es = np.array([[1,0],[0,1]], dtype='complex', order='F') 

Answer 2

Массивы, созданные в пределах Fortran (то есть out), возвращаются как соприкосновение Fortran. Тем не менее, я понимаю, что все массивы, которые передаются (то есть in и inout), должны быть указаны как смежные в Fortran в Python. Если f2py меняли их с C на F, это, вероятно, означало бы создание копии, которая потребует дополнительной памяти, что не очень эффективно.

Чтобы исправить это, все, что вам нужно сделать, это добавить order='F' kwarg к каждому из ваших звонков np.array.