Как получить доступ к матрице в файле .Rdata в Python с помощью rpy2

Question

У меня есть номер saved R datasets (хотя у них есть расширения .R). Я могу получить доступ к одной из этих матриц fname.R с R, используя load("fname.R"), а затем ввести имя файла fname.

Однако, я хотел бы использовать эту матрицу в Python. Я мог бы использовать rpy2 для импорта данных, но я также заинтересован в манипулировании этими данными. Как я могу превратить его в матрицу Python?

Answer 1

Вы можете найти решение в двух других вопросах/ответах по переполнению стека: this shows how to load a variable from an RData file и this shows how to convert an R matrix to a numpy array.

Комбинированное решение выглядит следующим образом:

import rpy2.robjects as robjects 
import numpy as np 

# load your file 
robjects.r['load']('fname.RData') 

# retrieve the matrix that was loaded from the file 
matrix = robjects.r['fname'] 

# turn the R matrix into a numpy array 
a = np.array(matrix) 

print a 

Например, если бы вы начали, выполнив следующий код в R:

fname <- matrix(1:9, nrow = 3) 
save(fname, file = "fname.RData") 

Приведенный выше код Python напечатает:

[[1 4 7] 
[2 5 8] 
[3 6 9]]