Как расколоть файлы bim и fam для семей с идентификатором семьи в plink?

Question

Я хочу разбить свои кровати, бим и файлы fam по семейному ID в plink. Например, я могу сделать это хромосому набрав:

p-link --bfile datafile1 --chr 1 --make-bed --out datafile2 

И это делает отдельную кровать, BIM и FAM файл хромосоме 1.

Однако, в моем файле FAM, у меня есть несколько различных семейные идентификаторы, которые я хочу разбить на файлы. Например

Family 1 TS11339 0 0 2 -9 
Family 1 TS11233 0 0 2 -9 
Family 2 TF99288 0 0 2 -9 
Family 2 YJ22997 0 0 2 -9 
Family 3 YF00277 0 0 2 -9 
Family 3 YY92779 0 0 2 -9 

Я хочу быть Family1.bed -.bim и -.bam, Family2.bed -.bim и -.bam т.д.

Как я могу это сделать? (Извините за плохое знание - только начал использовать plink).

Answer 1

Я понял это, вы можете сделать это с помощью Plink следующим образом:

палить --bfile datafile1 --keep LIST1.txt --make-кровать --out

Где LIST1. txt - это список семейных идентификаторов и отдельных лиц. Так сказать, если вы хотите извлечь Family 1, LIST1.txt будет состоять из:

семьи 1 TS11339

Семейный 1 TS11233

Более подробную информацию можно найти на сайте палить.

Answer 2

Немного проще: plink --keep-fam.

Answer 3

Следующая команда должна разделить Plink набор данных на оболочке UNIX:

for fam in $(awk '{print $1}' datafile1.fam | sort | uniq); do echo $fam | plink --bfile datafile1 --keep-fam /dev/stdin --make-bed --out $fam; done