2016-05-01 3 views
0

У меня 24 пары этих файлов (24 файла output.chr1 to 24_.vcf.gz и 24 файла Analysis.chr1 to 24_.output.vcf.gz). Я пытаюсь объединить эти соответствующие пары для создания файлов merged_file_.chr1 to 24_.vcf.gz. Как я могу создать такой цикл в сценарии bash, чтобы использовать следующую команду?Bash loop для создания индексированных объединенных файлов

vcf-merge output.chr1.vcf.gz Analysis.chr1.output.vcf.gz | \ 
    bgzip -c > ../dir_destination/merged_file_.chr1.vcf.gz 

ответ

1
for n in {1..24}; do 
    vcf-merge output.chr$n.vcf.gz Analysis.chr$n.output.vcf.gz | \ 
    bgzip -c > ../dir_destination/merged_file_.chr$n.vcf.gz 
done 

 Смежные вопросы

  • Нет связанных вопросов^_^