Я не совсем то, что вы пытаетесь сделать с этим фрагментом кода, но в основном вам просто нужно создать файл setenv.sh в каталоге bin вашей установки tomcat, и он будет использоваться автоматически, так как в этом коде кусок от catalina.sh:
# Ensure that any user defined CLASSPATH variables are not used on startup,
# but allow them to be specified in setenv.sh, in rare case when it is needed.
CLASSPATH=
if [ -r "$CATALINA_BASE/bin/setenv.sh" ]; then
. "$CATALINA_BASE/bin/setenv.sh"
elif [ -r "$CATALINA_HOME/bin/setenv.sh" ]; then
. "$CATALINA_HOME/bin/setenv.sh"
fi
И для хорошей части вам не нужно даже сделать его исполняемым. ;-)
В противном случае вы могли бы предоставить более подробную информацию, например, о том, где установлен ваш tomcat, и о том, где установлен ваш setenv.sh, пожалуйста? До встречи.
У вас есть [shebang] (http://en.wikipedia.org/wiki/Shebang_ (Unix)) в нем? – madhead