Ubuntu/Linux: как добавить место в bash_profile?

Question

Я установил программу под названием RepeatMasker в Ubuntu, но затем, когда я запустил установщик под названием «Создатель», система упомянула, что RepeatMasker не установлен.

Checking external program dependencies... 
requires: 
! RepeatMasker is not installed 

Возможное решение заключается в том, чтобы добавить местоположение RepeatMasker в Maker.

Add the location where you installed RepeatMasker to your PATH variable in 
.bash_profile (i.e. export PATH="/usr/local/RepeatMasker:$PATH"). 

Как я могу найти свой bash_profile в терминале и добавить местоположение в RepeatMasker к Создателю?

Это мои папки каталоги:

/usr/local/bin/maker 
/usr/local/bin/RepeatMasker 

Answer 1

запустить эту команду в терминале:

echo 'export PATH="/usr/local/RepeatMasker:$PATH"' >>~/.bash_profile 

совершать ваши изменения запустить эту команду:

source .bash_profile 

Answer 2

Во-первых, положить расположение третьей стороны после def след. Если вы не уверены, что вам нужно в противном случае, вы не хотите, чтобы кто-то с доступом к этому пути помещал команду ls, чтобы заменить ее по умолчанию. Поскольку вы, похоже, делаете это для корня, вы должны знать, что это плохая практика безопасности для этого.

Я бы посоветовал редактировать, а не добавлять к .bash_profile для здравого смысла позже. Используйте vi/vim или любой другой редактор. Вы собираетесь использовать ~ root вместо ~ b/c, который будет расширяться до того, как команда будет запущена как root.

sudo vi ~root/.bash_profile

REPEAT_MASKER=/usr/local/RepeatMasker PATH=$PATH:$REPEAT_MASKER

Для одного недостающей команды, вы можете также использовать псевдоним, вместо добавления всего каталога в пути. Однако, если вам это нужно для сценариев оболочки, тогда попробуйте man bash и найдите для expand_aliases дополнительную информацию.

vi ~root/.bashrc

alias RepeatMasker='/usr/local/bin/RepeatMasker'

В приведенной выше записи, RepeatMasker является исполняемым, а не каталог. В вашем сообщении используются два пути, поэтому я смущен относительно того, что правильно. После любых изменений отправьте файлы или перейдите к их эффектам.