У меня есть последовательность ДНК, как: cgtcgctgtttgtcaaagtcg....Попытка вернуть указанное число символов из последовательности гена в R
, которое, возможно, долго 1000+ писем.
Однако я хочу посмотреть, например, буквы с 5 по 200 и определить это подмножество строки как новый объект.
Я пробовал смотреть на функцию nchar, но не нашел что-то, что сделало бы это.
Используйте функцию подстроки:
> tmp.string <- paste(LETTERS, collapse="")
> tmp.string <- substr(tmp.string, 4, 10)
> tmp.string
[1] "DEFGHIJ"
Смотрите также пакет Bioconductor Biostrings, который является хорошим выбором, если вам нужно обрабатывать большие биологические последовательности или набор последовательностей.
#source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("Biostrings")
library(Biostrings)
s <-paste(rep("gtcgctgtttgtcaac",20),collapse="")
d <- DNAString(s)
d[5:200]
as.character(d[5:200])
Спасибо всем за помощь. Я очень благодарен. Функция substr очень полезна для меня. – 2009-09-30 13:17:08
Не могли бы вы сначала создать временную строку, которая была отрезана от длинной? – lod3n
Как это сделать? ... извините за наивный вопрос (я новый пользователь) – 2009-09-28 23:06:26