Назначение заголовков в текстовых файлах и массивах зданий

Question

Я пишу программу, которая читает текстовый файл и анализирует информацию внутри него. Пример текстового файла выглядит следующим образом:

->DQB1*02:02:01:01 
GAACTTTGCTCTTTTCACCAAAACTTAAGGCTCCTCAGGGTGTGTCTAAGACAACAGCAGTAAAAATGTCTATGACAGCAATTTTCTCTCCCCTGAAATATGATCCCCACTTAATTTGCCCTATTGAAAGAATCCCAAGTATAAGAACAACTGGTTTTTAATCAATATTACAAAGATGTTTACTGTTGAATCGCATTTTTCTTTGGCTTCTTAAAATCCCTTAGGCATTCAATCTTCAGCTCTTCCATAAT 

->OMIXON_CONSENSUS_M-86-11-9517_DQB1*02:02:01 
GTCCAAGCTGTGTTGACTACCACTACTTTTCCCTTCGTCTCAATTATGTCTTGGAAGAAGGCTTTGCGGATCCCTGGAGGCCTTCGGGTAGCAACTGTGACCTTGATGCTGGCGATGCTGAGCACCCCGGTGGCTGAGGGCAGAGACTCTCCCGGTAAGTGCAGGGCCACTGCTCTCCAGAGCCGCCACTCTGGGAACAGGCTCTCCTTGGGCTGGGGT 

->GENDX_CONSENSUS_M-86-11-9517_DQB1*02:02:01:01 
TGCCAGGTACATCAGATCCATCAGGTCCAAGCTGTGTTGACTACCACTACTTTTCCCTTCGTCTCAATTATGTCTTGGAAGAAGGCTTTGCGGATCCCTGGAGGCCTTCGGGTAGCAACTGTGACCTTGATGCTGGCGATGCTGAGCACCCCGGTGGCTGAGGGCAGAGACTCTCCCGGTAAGTGCAGGGCCACTGCTCTCCAGAGCCGCCACTCTGGGA 

Я пытаюсь присвоить все строки, начинающиеся с > как заголовок, так что я могу создать массив заголовка и остальной текст в виде массива последовательности, так после этого я могу выровнять последовательности и разбор. У меня возникают проблемы с назначением заголовков. До сих пор в моем коде у меня было следующее:

def readfile(): 

with open ("testAllele1.txt", "r") as myfile: 
    y = myfile.read() 
with open(y) as z: 
    for line in z: # build array 
     counter=1 
     if line.startswith(">"): #header array 
      header(counter)=line 
      counter=counter+1 
     else: 
      sequence(counter)=line #sequence array 

Пожалуйста, помогите! (Также я как начинающий программист, поэтому ничего сложного, пожалуйста)

Answer 1

Ваш пример нерабочий. Все линии начинаются с ->

Поэтому я предполагаю, что вы хотите разбить их на первый символ пробела.

#! /usr/bin/env python 

# read the file and split into lines 
y = open("testAllele1.txt", "r").read() 
z = y.splitlines() 

# initialize 
header = [] 
sequence = [] 

#loop over all lines 
for line in z: 
    if line.startswith("->"): 
     h, s = line.split() 
     h = h[2:] # cut away the leading "->" 
     header.append(h) 
     sequence.append(s) 

print header 
print sequence