R: ошибка при установке пакетов с терминала

Question

Я пытаюсь установить некоторые пакеты в R, используя команды оболочки. Я написал файл R «installDependencies.R» для установки пакетов. Файл выглядит следующим образом:

packages <- c("xts","stringr","log4r") 

# Function to check whether package is installed 
is.installed <- function(mypkg){ 
    is.element(mypkg, installed.packages()[,1]) 
} 

for(package in packages){ 
    # check if package is installed 
    if (!is.installed(package)){ 
    install.packages(package) 
    } 
} 

Теперь я пытаюсь запустить этот файл с помощью терминала. Я создал файл сценария оболочки inst.sh и выглядит следующим образом:

#!/bin/bash 

Rscript installDependencies.R 

Всякий раз, когда я запускаю файл, используя ./inst.sh команду следующее сообщение об ошибке генерируется:

algotree@algotree-900X3C-900X4C-900X4D:~$ ./inst.sh 
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’ 
(as ‘lib’ is unspecified) 
Error in contrib.url(repos, type) : 
    trying to use CRAN without setting a mirror 
Calls: install.packages -> grep -> contrib.url 
Execution halted 
algotree@algotree-900X3C-900X4C-900X4D:~$ 

Answer 1

У меня была аналогичная проблема, прежде чем я поставил CRAN-зеркало

for(x in pkgs){ 
    if(!is.element(x, installed.packages()[,1])) 
    {install.packages(x, repos="http://cran.fhcrc.org") 
    } else {print(paste(x, " library already installed"))} 
}