Автоматического выполнение несколько внутри объекта съемки дисперсионного анализа в R

Question

Мои данные следующие

time id var1 var2 var3 var4 var5 var6 
a 1 36.9 82.7 22.2 24.2 37.9 46.5 
a 2 35.0 88.9 27.4 27.3 37.4 44.9 
a 3 39.6 85.6 23.1 24.0 35.4 46.0 
a 4 37.1 87.6 25.2 25.5 39.7 47.1 
a 5 36.9 87.1 25.8 25.1 36.7 44.4 
a 6 37.7 89.7 25.8 26.6 41.9 41.2 
a 7 36.2 87.3 25.6 26.0 34.5 42.0 
a 8 37.1 88.3 25.5 26.0 39.7 41.6 
a 9 34.9 87.8 26.2 26.9 35.7 45.1 
a 10 39.7 87.4 24.7 23.3 40.0 41.3 
b 1 37.3 91.7 27.9 27.1 39.0 46.4 
b 2 41.0 87.3 23.4 23.5 39.0 49.1 
b 3 36.9 91.0 27.7 27.1 43.0 44.6 
b 4 34.1 91.3 28.6 28.9 38.6 42.7 
b 5 35.7 87.3 25.9 26.3 41.4 44.8 
b 6 39.7 89.5 25.3 25.0 39.1 45.5 
b 7 42.4 89.8 25.6 22.2 43.2 50.3 
b 8 37.3 89.9 26.1 26.8 38.3 42.9 
b 9 37.5 93.5 29.0 27.7 40.1 50.8 
b 10 39.4 91.7 26.0 26.5 42.0 51.6 
c 1 38.5 89.3 24.6 26.3 41.7 48.9 
c 2 38.4 85.8 24.0 24.3 35.4 40.8 
c 3 40.2 94.3 27.0 27.9 40.7 44.1 
c 4 35.9 88.4 26.7 26.5 37.8 44.5 
c 5 37.7 88.0 25.9 24.6 36.4 44.1 
c 6 34.1 84.7 25.4 25.3 37.4 43.4 
c 7 36.1 84.8 24.5 24.8 39.6 44.7 
c 8 38.6 90.1 26.4 25.6 38.7 47.8 
c 9 34.5 84.7 25.1 25.2 37.7 42.1 
c 10 35.2 84.6 24.9 24.9 33.7 38.9 

Время является внутри-субъектным фактором и var1 к var6 являются различными мерами результата. Я хочу выполнить внутрипоследовательную ANOVA для каждой оценки результата, чтобы изучить ее временные изменения. Я использую функцию ezANOVA в пакете ez для анализа.

Поскольку в моем реальном наборе данных много переменных (столбцов) (только шесть описывается здесь для иллюстративной цели), я хочу написать цикл for, чтобы можно было выполнить несколько тестов ANOVA внутри объекта.

Я использую следующий код:

library(ez) 
obj<-NULL 
for(i in 1:6){ 
    obj[[i]] <- ezANOVA(data = data, 
         dv = .(as.factor(colnames(data)[i+2])), 
         wid = .(id), 
         within = .(time), 
         detailed = T, type = 3) 
} 

К сожалению, я получил следующее сообщение об ошибке:

Error in ezANOVA_main(data = data, dv = dv, wid = wid, within = within, : 
    "as.factor(colnames(data)[i + 2])" is not a variable in the data frame provided. 

Когда я поставил «var1» внутри кронштейна, функция хорошо работала с следующий код:

ezANOVA(data = data3, 
     dv = .(var1), 
     wid = .(id), 
     within = .(time), 
     detailed = T, type = 3) 

Я думаю, что, возможно, функция ezANOVA принимает только точные va имя внутри внутри .(). Функции там не допускаются.

Могу ли я узнать, есть ли способ одновременно запускать несколько тестов ANOVA внутри объекта без необходимости вручную вводить имя каждого результата в .()?

Или если мы сможем внести некоторые изменения в исходный код ezANOVA, который можно получить, набрав ezANOVA в R, чтобы функция разрешалась внутри .().

Любое решение приветствуется!

Answer 1

Не очень хорошо знаком с пакетом ezANOVA, но вместо того, чтобы модифицировать пакет, я просто делаю несколько манипуляций с данными, используя dplyr. Проверьте это и дайте мне знать, если это сработает для вас, или если вы хотите, чтобы я его улучшил. Вы получаете все результаты в виде фрейма данных.

library(dplyr) 
library(ez) 

dt = read.table(text=" time id var1 var2 var3 var4 var5 var6 
       a 1 36.9 82.7 22.2 24.2 37.9 46.5 
       a 2 35.0 88.9 27.4 27.3 37.4 44.9 
       a 3 39.6 85.6 23.1 24.0 35.4 46.0 
       a 4 37.1 87.6 25.2 25.5 39.7 47.1 
       a 5 36.9 87.1 25.8 25.1 36.7 44.4 
       a 6 37.7 89.7 25.8 26.6 41.9 41.2 
       a 7 36.2 87.3 25.6 26.0 34.5 42.0 
       a 8 37.1 88.3 25.5 26.0 39.7 41.6 
       a 9 34.9 87.8 26.2 26.9 35.7 45.1 
       a 10 39.7 87.4 24.7 23.3 40.0 41.3 
       b 1 37.3 91.7 27.9 27.1 39.0 46.4 
       b 2 41.0 87.3 23.4 23.5 39.0 49.1 
       b 3 36.9 91.0 27.7 27.1 43.0 44.6 
       b 4 34.1 91.3 28.6 28.9 38.6 42.7 
       b 5 35.7 87.3 25.9 26.3 41.4 44.8 
       b 6 39.7 89.5 25.3 25.0 39.1 45.5 
       b 7 42.4 89.8 25.6 22.2 43.2 50.3 
       b 8 37.3 89.9 26.1 26.8 38.3 42.9 
       b 9 37.5 93.5 29.0 27.7 40.1 50.8 
       b 10 39.4 91.7 26.0 26.5 42.0 51.6 
       c 1 38.5 89.3 24.6 26.3 41.7 48.9 
       c 2 38.4 85.8 24.0 24.3 35.4 40.8 
       c 3 40.2 94.3 27.0 27.9 40.7 44.1 
       c 4 35.9 88.4 26.7 26.5 37.8 44.5 
       c 5 37.7 88.0 25.9 24.6 36.4 44.1 
       c 6 34.1 84.7 25.4 25.3 37.4 43.4 
       c 7 36.1 84.8 24.5 24.8 39.6 44.7 
       c 8 38.6 90.1 26.4 25.6 38.7 47.8 
       c 9 34.5 84.7 25.1 25.2 37.7 42.1 
       c 10 35.2 84.6 24.9 24.9 33.7 38.9", header=T) 

# create a vector of names of variables of interest 
variables_of_interest = dt %>% select(matches("var")) %>% names() 


dt_res = 
data.frame(variables_of_interest,       ## create a data frame with variable names as a column 
      stringsAsFactors = F) %>% 
    group_by(variables_of_interest) %>%      ## for each variable of interest 
    do({dt2 = dt[,c(.$variables_of_interest,"id","time")] ## pick that variable along with id and time 
     names(dt2)[1] = "var"        ## rename that variable to "var" (to be used as a name within ezANOVA) 
     res = ezANOVA(data = dt2,       ## run ezANOVA 
        dv = .(var), 
        wid = .(id), 
        within = .(time), 
        detailed = T, type = 3) 
     data.frame(res)})         ## save results as a dataframe to be returned next to the variable name 

Я предлагаю вам выполнить код шаг за шагом, чтобы увидеть, как он работает. Попробуйте вручную проверить правильность результатов. Сообщите мне, если вы довольны результатом или хотите какие-либо изменения.